Visi adalah suatu gambaran yang menantang tentang suatu keadaan masa depan, berisikan cita dan citra yang ingin diwujudkan oleh suatu institusi. Sedangkan Misi adalah sesuatu yang harus diemban atau dilaksanakan oleh suatu institusi sesuai visi yang ditetapkan agar tujuan lembaga dapat terlaksana dan berhasil dengan baik.

Visi dan misi Mahkamah Agung dan kebijakan pimpinan selalu menjadi landasan berpijak dan arah kebijakan Pengadilan Agama Mojokerto. Visi dan Misi Mahkamah Agung dijabarkan  dalam visi dan misi Pengadilan Agama Mojokerto, sesuai dengan tugas pokok dan fungsi yang diembannya.

Visi Mahkamah Agung RI adalah “Terwujudnya Badan Peradilan Indonesia Yang Agung”.

Misi Mahkamah Agung dijabarkan sebagai berikut :
1. Menjaga Kemandirian Badan Peradilan.
2. Memberikan Pelayanan Hukum Yang Berkeadilan Kepada Para Pencari Keadilan
3. Meningkatkan kualitas Kepemimpinan Badan Peradilan.
4. Meningkatkan Kredibelitas dan Transparansi Badan Peradilan.

Pengadilan Agama Mojokerto sebagai Pengadilan dibawah naungan Mahkamah Agung RI memiliki komitmen dan kewajiban yang sama untuk mengusung terwujudnya peradilan yang baik dan benar serta dicintai masyarakat. Atas dasar itu maka Pengadilan Agama Mojokerto telah menjabarkan visi dan misi tersebut dalam visi dan misi Pengadilan Agama Mojokerto, yaitu :

Visi Pengadilan Agama Mojokerto adalah :

Mewujudkan supremasi hukum yang bersih, berwibawa dan berkeadilan demi terwujudnya Badan Peradilan Indonesia yang Agung.

Hal ini mengandung makna bahwa Pengadilan Agama Mojokerto siap bersama-sama peradilan lainnya meningkatkan kinerja yang lebih baik demi menjaga kehormatan dan martabat serta wibawa peradilan yang didedikasikan dalam bentuk misi Pengadilan Agama Mojokerto, yaitu :
1. Mewujudkan Peradilan yang sederhana, cepat, biaya ringan dan transparansi.
2. Meningkatkan kualitas sumberdaya aparatur peradilan dalam rangka peningkatan pelayanan pada masyarakat.
3. Melaksanakan pengawasan dan pembinaan yang efektif dan efisien;
4. Melaksanakan tertib administrasi dan manajemen peradilan yang efektif dan efisien.
5. Mengupayakan tersediannya sarana dan prasarana peradilan sesuai dengan ketentuan yang berlaku.