Pengadilan Agama Mojokerto dibentuk berdasarkan Stablat 1882 Nomor 152. Pada waktu itu namanya masih Jawatan Kepenghuluan, kemudian terjadi perubahan nama dan wilayah hukum serta lokasi Pengadilan Agama Mojokerto berdasarkan Peraturan Pemerintah Nomor 45 tahun 1957.

Sejarah Singkat Pembentukan Daerah Tk.II di Wilayah PA Mojokerto.

Kalau kita menyimak sejarah berdirinya Kota Mojokerto, maka angan-angan kita tidak bisa lepas dari kebesaran kejayaan Kerajaan Majapahit pada masa Pemerintahan Sri Maharaja Hayam Wuruk dengan Mahapatihnya yang terkenal dengan Sumpah Palapanya yaitu Patih Gajah Mada.

Sejarah pembentukan Kota Mojokerto sendiri diawali pada jaman Hindia Belanda, sesuai dengan SK. Gubernur Jenderal Y. Van Limburg Strirrum yaitu Stablat 1918 Nomor 324 tanggal 20 Juli 1918. Menurut Surat Keputusan ini, Kota Mojokerto di bentuk sebagai Staat Sgemeente. Pada jaman Jepang status Kota Mojokerto berubah menjadi Sidi Pemerintah yang mempunyai Wilayah Sendiri. Kemudian antara tahun 1945-1990 Kota Mojokerto menjadi Daerah Kabupaten Mojokerto. Selanjutnya berdasarkan Undang-undang Nomor 17 Tahun 1950 ditetapkan sebagai Daerah Otonomi Kota Kecil Mojokerto status ini berakhir dengan dikeluarkannya Undang-undang Nomor I Tahun 1997 yaitu berubah menjadi Kota Kecil Mojokerto dan terakhir kembali ke status sebagai Kota Praja berdasarkan disesuaikan statusnya sebagaimana dalam Undang-undang Nomor 5 Tahun 1974 Mojokerto dengan luas Wilayah 7,25 Km² kemudian berdasarkan Peraturan Pemerintah Nomor 47 tahun 1982 luasnya ditambah dengan 6 Desa dari Wilayah Kabupaten Mojokerto hingga menjadi 16,46 Km² yang dulunya hanya 1 kecamatan maka sekarang menjadi 2 wilayah Kecamatan yaitu Kecamatan Prajuritkulon dan Kecamatan Magersari dan menurut data statistik tahun 2007 jumlah penduduknya mencapai 114.088 jiwa.

Dengan dikeluarkannya Undang-undang Nomor I Tahun 1997 dengan ditetapkannya Kota Kecil Mojokerto kembali ke status sebagai Kota Praja berdasarkan disesuaikan statusnya sebagaimana dalam Undang-undang Nomor 5 Tahun 1974 maka Mojokerto dibagi atas 2 kepemerintahan yaitu Kota Mojokerto dan Kabupaten Mojokerto. Untuk Kabupaten Mojokerto luas wilayahnya adalah 826,6 Km² dengan jumlah penduduk pada tahun 2007 adalah 936.458 jiwa. Adapun hari jadi Kabupaten Mojokerto jatuh pada tanggal 9 Mei hal ini diambil dari sejarah yaitu pada saat Raden Wijaya (Raja Majapahit yang pertama) mulai mengatur strategi untuk melawan pasukan Tar-Tar dari Cina. Waktu ini merupakan titik awal kemenangan Diplomatik dan Militer di pihak Raden Wijaya karena mulai saat tersebut secara bertahap ia berhasil mengalahkan pasukan Tar-Tar dalam Tarikh Masehi peristiwa tersebut adalah tanggal 9 Mei 1293 akhirnya dengan Keputusan DPRD Daerah Tingkat II Kabupaten Mojokerto Nomor 9 Tahun 1993 tanggal 8 Mei 1993, Tentang Persetujuan Penetapan Hari Jadi Kabupaten Mojokerto, maka Bupati Kepala Daerah Tingkat II Mojokerto dengan Penetapannya Nomor 230 tahun 1993 tanggal 8 Mei 1993 menetapkan bahwa hari jadi Kabupaten Mojokerto jatuh pada tanggal 9 Mei 1293. Demikianlah sejarah singkat keberadaan Kota dan kabupaten Mojokerto yang menjadi wilayah hukum Pengadilan Agama Mojokerto. Sejarah pembentukan Pengadilan Agama Mojokerto.

Pengadilan Agama Mojokerto sudah ada sejak tahun 1882 yaitu berdasarkan Stablat 1882 nomor 152 dimana waktu itu namanya Kepenghuluan yang waktu itu masih menjadi satu dengan Residen/Bupati dan menempati salah satu ruangan di Pendopo Kabupaten yang bernama ruang pusaka. Dan yang menjadi Ketua/Kepala Penghulu waktu itu adalah K.H. zulkifli hal ini berlangsung hingga tahun 1892 dan tahun 1892 Ketuanya di Jabat oleh kiyai Abdullah hingga masa penjajahan.

Pengadilan Agama Mojokerto saat itu masih tetap berada di Lingkungan Pendopo kabupaten Mojokerto dan pada tahun 1916 Ketua Pengadilan Agama Mojokerto di jabat oleh Kiyai Abu Bakar sampai dengan tahun 1932, tahun 1933 terjadi lagi pergantian Ketua dari Kiyai Abu Bakar kepada HM. Sulaiman. Kemudian tahun 1942 (jaman Jepang) lokasi/Kantor Kepenghuluan/Pengadilan Agama pindah dari ruang pusaka pendopo Kabupaten Mojokerto ke Serambi Sebelah Utara Masjid Jami’ Al-Fatah Mojokerto. Di tempat ini Pengadilan Agama tetap melaksanakan tugasnya hingga sampai masa kemerdekaan

Pada masa kemerdekaan Pengadilan Agama Mojokerto tetap menempati Serambi masjid jami’ Al-Fatah dan ketuanya waktu itu di jabat oleh Kapten Syua’aib Said menggantikan HM. Sulaiman antara tahun 1947 sampai tahun 1950 hal ini terus berlangsung hingga tahun 1971. Selama masa itu telah terjadi pergantian Ketua yaitu dari kapten Syua’aib Said kemudian K.H.M Hasyim (tahun 1950-1963), KH. Machfudz Anwar (tahun 1967-1980). Pada tahun 1971 Pengadilan Agama Mojokerto pindah tempat dari Serambi masjid Jami’ Al-Fatah ke Desa Sooko yaitu menempati/menjadi satu dengan Kantor Perwakilan Agama Kabupaten Mojokerto, menempati salah satu ruangan di Kantor Perwakilan Departeman Agama tersebut sampai dengan tahun 1974

Pada tahun pertengahan 1974 pengadilan Agama Mojokerto pindah ruangan dari salah satu ruangan Departemen Agama pindah ke Aula Departemen Agama namun masih dalam satu atap, di Aula ini Pengadilan Agama Mojokerto melaksanakan sidang-sidangnya hingga tahun 1979. Pada tahun 1979 Pengadilan Agama Mojokerto menempati Rumah Dinas pemberian (hibah) dari Pemerintah Daerah Kabupaten Mojokerto yang lokasinya masih satu komplek dengan Departemen Agama (rumah dinas dijadikan sebagai kantor) baru tahun 1980 Pengadilan Agama mendapat proyek untuk balai Sidang Pengadilan Agama Mojokerto yang lokasinya dekat (didepannya) rumah dinas yang sedang ditempati sebagai kantor saat itu yang selanjutnya antara rumah dinas pemberian Pemerintah Daerah tersebut dengan Balai Sidang digabung (disambung) menjadi satu atap hingga sekarang.

Masa Berlakunya Undang-undang Nomor 7 Tahun 1989.

Sampai dengan berlakunya Undang-undang Nomor 7 tahun 1989 Pengadilan Agama Mojokerto tetap menempati kantor yang lokasinya terletak di Jalan R.A. Basuni No. 21 Mojokerto lokasinya sama satu komplek dengan departemen Agama Kabupaten Mojokerto. Pengadilan Agama tetap menempati kantor yang terdiri dari Balai Sidang dan Rumah Dinas sebagaimana yang telah diuraikan diatas tadi hingga sekarang ini. Kemudian pada tahun 1985 Pengadulan Agama Mojokerto telah mendapatkan tanah pemberian dari Pemerintah daerah Kotamadya Mojokerto seluas kurang lebih 2000 M² terletak dijalan Raya Prajurit Kulon No. 17 Kecamatan Prajuritkulon Kotamadya Mojokerto dan sebagaimana diantaranya telah dibangun Rumah dinas Pengadilan Agama Mojokerto, kemudian tahun 1999 dan tahun 2000 dibangun kantor Pengadilan Agama Mojokerto dan sejak tanggal 01 Maret 2001 Pengadilan Agama Mojokerto telah menempati kantor baru tersebut.

Kemudian pada tahun 2007 dengan berdasarkan surat Keputusan Badan Urusan Administrasi Mahkamah Agung RI NOmor : 25/S-Kep/BUA-PL/V/2007 tanggal 24 Mei 2007 Gedung Pengadilan Agama Mojokerto dihapus karena gedung Pengadilan Agama Mojokerto dianggap sudah tidak layak lagi sebagai gedung Pengadilan yang berwibawa dan kemudian dibangun gedung baru Pengadilan Agama Mojokerto Tahap I dengan dana DIPA Nomor : 0199.0/005-01.0/XV/2007 tanggal 31 Desember 2006 dan alokasi dananya sebesar Rp 1.524.000.000,- lalu dilanjutkan pembangunannya pada tahap II pada tahun anggaran 2008 dengan dana DIPA Nomor : 0199.0/005.01.0/XV/2008 tanggal 31 Desember 2007 dengan alokasi dananya sebesar Rp 1.120.000.000,-